В августе 2013 года в ряд СМИ Новосибирска поступила копия заявления, ранее направленного основным акционером ЗАО «Инновационная компания САН» Владиславом Мирчевым Президенту Российской Федерации, его полномочному представителю в Сибирском Федеральном округе и Заместителю Генерального прокурора РФ в СФО.

Господин Мирчев, в частности, утверждает, что в 2012 году акционеры компании САН, одним из которых является РОСНАНО, незаконно сместили его с должности генерального директора. Это заявление не соответствует действительности. Согласно протоколу заседания Совета директоров ЗАО «Инновационная компания САН» от 13 декабря 2011 года, все его члены, в том числе сам господин Мирчев, единогласно проголосовали за смену генерального директора. Причиной такого решения стало неэффективное управление проектом.

В 2013 году дочерние компании группы САН были вынуждены подать заявления на банкротство из-за неспособности обслуживать кредиторскую задолженность, возникшую во многом из-за неэффективного управления Владислава Мирчева. Таким образом, обвинения в адрес менеджмента РОСНАНО в преднамеренном и фиктивном банкротстве дочерних компаний САН несостоятельны.

Помимо этого, менеджмент РОСНАНО обвиняется в «развале управляющей команды» компании. Это утверждение полностью противоречит фактам. Топ-менеджмент САН продолжал свою работу и при новом генеральном директоре, а уходить из компании стал лишь в сентябре 2012 года, когда стали известны результаты ревизионной проверки, инициированной РОСНАНО. Проверка выявила неэффективное использование инвестиционных средств.

В частности, Владислав Мирчев утвердил положение о «золотых парашютах» для топ-менеджмента компании в обход одобрения Советом директоров. При этом объем заработной платы руководства компании превышал фонд оплаты труда сервисного центра почти в три раза, производства — в 2,5 раза, R&D подразделения — в 5 раз. Для возмещения данного ущерба РОСНАНО и ЗАО «Инновационная компания САН» подали 5 исков в Арбитражный суд Новосибирской области на общую сумму в 23,5 млн. рублей. Все поданные иски удовлетворены, но Мирчев отказывается добровольно исполнять судебные решения, вследствие чего все принадлежащие ему акции САН арестованы судебными приставами.

Также обеспокоенность РОСНАНО вызвал факт создания Владиславом Мирчевым параллельной структуры (ОАО «Франчайзинговая компания САН»), в которую был выведен центр прибыли САН — клиенты компании и продажа продукции конечным потребителям. РОСНАНО обратилось в правоохранительные органы с целью проверки деятельности компании в период руководства Владислава Мирчева.

После смены генерального директора и укрепления менеджмента, Группа компаний САН впервые за несколько лет получила операционную прибыль (по итогам двух кварталов 2013 года). До этого в течение 2010–2012 годов группа понесла убытки на сумму 439 млн. рублей. В настоящий момент идет реструктуризация Группы компаний с целью снижения издержек и повышения эффективности управления. Все активы САН остаются внутри Группы.