На протяжении нескольких десятилетий биологи вели споры о том, присутствуют ли на постоянной основе вирусы в ЖКТ у людей. Результаты недавнего исследования показали, что у половины населения Земли в кишечнике живёт вирус crAssphage, который поражает один из самых распространенных видов кишечных бактерий Bacteroidetes. Это тип бактерий, как полагают исследователи, связан с ожирением, диабетом и другими заболеваниями, сообщают учёные в статье журнала Nature Communications.

Открытие совершил Роберт Эдвардс (Robert Edwards), профессор биоинформатики из университета Сан-Диего. Вместе с приглашённым исследователем Басом Дютилом (Bas Dutilh) они использовали результаты предыдущих исследований вирусов, населяющих кишечник, и пытались найти новые разновидности инфекционных агентов.

В образцах фекальных ДНК, взятых у 12 различных добровольцев, они выявили особое скопление вирусной ДНК длиной около 97 тысяч пар оснований.

Все вирусные ДНК были крайне похожи друг на друга. Когда Эдвардс и его коллеги сверили новые данные с базой всех известных вирусов, то поняли, что перед ними нечто совершенно новое.

Рис. 1.

Затем исследователи попытались найти вирус в базах данных проекта Национального института здравоохранения «Микробиом человека» (Project Human Microbiome), что также не дало никаких результатов.

Несмотря на полное отсутствие информации об инфекционном агенте в современных базах, ДНК таинственного вируса всё чаще встречалась исследователям в фекальных пробах добровольцев.

Чтобы доказать реальность новой вирусной ДНК, вирусологи использовали метод, известный как амплификация ДНК. Таким образом можно было бы найти вирус в оригинальных образцах, используемых для создания базы данных НИЗ.

«Это был совершенно новый вирус. И он присутствует у половины людей в мире, хотя до сих пор о нём никто ничего не знал. Вообще, нет ничего необычного в том, что мы открыли новый вирус. Необычно то, что он настолько распространён, а мы его так долго не замечали», — сообщает Эдвардс в пресс-релизе.

Учёные полагают, что

широкая распространённость вируса указывает на древность данной разновидности инфекционных агентов. Судя по всему, первые представители появились приблизительно тогда же, когда и первые люди.

Рис. 2.

Интересно также то, что некоторые белки у crAssphage оказываются общими с теми, что присутствуют в уже хорошо изученных вирусах. Это позволило команде Эдвардса определить, что новый вирус является одним из бактериофагов, поражающих бактерии и размножающихся внутри них.

Выводы были сделаны с использованием инновационных методов биоинформатики. Результаты анализа показали, что

именно этот бактериофаг размножается путём заражения распространённого типа кишечной бактерии, известной как Bacteriodetes.

Представители типа Bacteroidetes проживают в части кишечника, расположенной ближе к концу. Считается, что они играют важную роль в стимуляции человеческого ожирения. Какое участие в данном процессе принимают вирусы crAssphage, станет ясно из последующих исследований.

Пока что о бактериофагах crAssphage известно немногое. Исследователи работают над определением метода распространения вируса, но пока что им только удалось исключить вероятность наследования вируса от родителей, поскольку у новорождённых младенцев инфекционных агентов обнаружено не было.

Последующее изучение нового вируса позволит не только лучше понять процессы, протекающих в кишечнике большинства людей. В дальнейшем осознание роли вирусов crAssphage позволит лечить диабет, ожирение и гастроэнтерологические заболевания разного рода, уверены учёные. А в далёком будущем, полагает Эдвардс, на основе кишечного вируса можно будет разрабатывать методики лечения для персонализированной медицины.