Институт Аллена по изучению клеток запустил проект, посвященный стволовым клеткам. Одной из его составляющих стала коллекция трехмерных изображений стволовых клеток. Эти модели ученые получили, использовав глубокое обучение и клеточные линии, измененные с помощью технологий CRISPR/Cas. Подробности можно узнать на сайте проекта.

Коллекцию, в которую входит более шести тысяч изображений индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, можно будет использовать для предсказывания того, какая структура клеток может оказаться предвестником развития рака и других заболеваний. Ключевые компоненты клеток подсвечены флуоресцентными маркерами.

Подготовка проекта началась около года назад, когда группа ученых под руководством Рика Хорвица, главы Института Аллена, модифицировала стволовые клетки, в результате чего структуры клетки стали подсвечиваться. Тогда стало ясно, что, хотя все клетки генетически были идентичны материнской, расположение, форма и количество компонентов клетки в них различались. После этого на имеющихся изображениях методами глубокого обучения тренировали компьютерную программу. По информации о нескольких чертах (например, расположении ядра) система научилась предсказывать другие характеристики клетки. Это позволит определить, какие изменения произойдут в строении клетки, если убрать, например, ген, ответственный за развитие заболевания почек. В дальнейшем коллекция также пополнится изображениями стволовых клеток на разных этапах ее развития.

Allen Institute for Cell Science