Ученые из Сколтеха, ИППИ РАН, ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора и Орловского областного центра по профилактике и борьбе со СПИД провели первое подробное геномное исследование эпидемии ВИЧ-1 в России. Коллектив секвенировал клинически значимую часть генома вируса из образцов, взятых у примерно трети всех зараженных лиц в Орловской области. Исследователи рассчитывают, что полученные ими данные помогут усовершенствовать меры профилактики и борьбы с распространением ВИЧ-инфекции в регионе и за его пределами.

Работа опубликованаhttps://doi.org/10.1093/ve/veac044 в журнале Virus Evolution.

Глобальная эпидемия ВИЧ/СПИД началась в 1981 году, и до сих пор является серьезной проблемой здравоохранения. Для эффективного противодействия распространению ВИЧ необходимо учитывать характерные особенности эпидемии в каждом отдельно взятом регионе. Например, определение преобладающих путей передачи инфекции на основе недавно зарегистрированных случаев помогает медикам и властям устанавливать самые уязвимые на настоящий момент группы населения и адаптировать свою стратегию.

В некоторых странах структуру эпидемии отслеживают с особой точностью за счет привлечения генетических данных, сбор которых регулярно производится для мониторинга мутаций устойчивости к лекарствам. Такого рода «молекулярная эпидемиология» позволяет ученым эффективно обнаруживать растущие кластеры передачи инфекции, ранжировать их по темпам роста, подразделять по путям передачи и полам и выявлять распространение резистентных штаммов.

В России ежегодно регистрируется 100 тысяч новых случаев ВИЧ-инфекции; в общей сложности заражён каждый сотый взрослый. Молекулярная эпидемиология может помочь в борьбе с этой значимой угрозой здоровью общества, но на сегодня ее методы мало применимы, поскольку генетические данные доступны лишь для одного процента известных случаев ВИЧ-инфекции в России.

Научная группа во главе с профессором Сколтеха Георгием Базыкиным исследовала российскую эпидемию ВИЧ-инфекции «в миниатюре», просеквенировав клинически значимые участки генома вируса из образцов, взятых у одной трети зарегистрированных ВИЧ-положительных пациентов в Орловской области.