Ежегодно продукты питания, загрязнённые болезнетворными микроорганизмами, доставляют больше количество хлопот многим людям. В настоящее время в числе наиболее важных задача, стоящих перед всемирной системой здравоохранения, являются следующие: улучшение методов распознавания начала развития эпидемий, обусловленных распространением низкокачественных продуктов питания, и определение продуктов, послуживших источником возбудителей заболеваний.

Новая методика, анонсированная в журнале Applied and Environmental Microbiology, предложенная группой исследователей под руководством работников Корнелльского университета, позволит специалистам определять природу и происхождение бактерий, загрязняющих пищевые продукты, с высокой точностью, считает профессор Мартин Вейдманн (Martin Wiedmann).

Стандартный метод анализа болезней, причиной распространения которых являются заражённые микроорганизмами продукты питания, включает в себя сегментирование ДНК микроорганизмов-возбудителей с последующим изучением образующихся сегментов.

Однако при использовании данного подхода специалисты сталкиваются с некоторыми трудностями. Например, часто случается так, что разные бактериальные штаммы имеют настолько похожее строение генома, что определить какие-либо различия между ними практически невозможно. Таким образом, специалистам порой очень сложно однозначно установить, какой возбудитель инициировал развитие болезни в двух разных случаях (например, один и тот же вид cальмонелл или разные, но очень похожие виды cальмонелл). Отметим, в период с июля 2009 года по апрель 2010 года в 44 штатах было зафиксировано 272 случая возникновения пищевых отравлений бактериями рода Salmonella, которые попадали в салями вместе с ингредиентами, используемыми для её изготовления: чёрным и красным перцем.

Для того, чтобы сделать процесс определения возбудителей инфекционных заболеваний более эффективным, Мартин Вейдманн решил модифицировать геномный подход.

С помощью секвенирования генома 47 видов бактерий (20 из которых были взяты из организма людей во время вспышки эпидемии и 27 из которых являлись контрольной группой [были взяты из организма человека, животных, окружающей среды и продуктов питания до эпидемии]) профессор Вейдманн и его коллеги смогли быстро найти различия между теми видами бактерий, которые приводили к развитию эпидемии, и теми, которые к ней не приводили. Учёные выделили 4 образца, которые, по их мнению, контаминировали перец.

В ходе проведения научной работы учёные так же обнаружили некоторые важные нюансы. Штамм сальмонеллы, который стал причиной изъятия из продажи огромного количества фисташек в 2009 году, был обнаружен в образцах, взятых у четырёх человек. При этом только один из этих человек указал, что употреблял в пищу фисташки.

«Использование методов секвенирования генома для изучения вспышек инфекционных заболеваний, причиной которых стали заражённые микроорганизмами продукты питания, – это относительно новая тенденция, характеризующаяся большими перспективами, так как в её рамках можно выявлять временное, географическое и эволюционное происхождение вспышки заболевания» – говорит Мартин Вейдманн.

В настоящее время профессор Вейдманн и его коллеги работают над улучшением предложенной методики.