Расходным статьям, которые регулируют затраты на наукограды и науку, не нашлось места в новом бюджете в списке наиболее приоритетных.

Процесс согласования будущего бюджета с Минфином осуществляется в несколько этапов. Вначале определяются наиболее приоритетные статьи расходов для финансирования, по которым у министерства полностью нет возражений. А вот за финансирование, которое остаётся на все остальные оставшиеся статьи, соответствующим госструктурам придется хорошо побороться. Многими экспертами считается, что использование подобных «маневров» значительно повышают устойчивость в целом бюджетной системы и повышают её общую эффективность.

В список приоритетных статей не попали такие статьи расходов, как строительство различных исследовательских центров (немногим меньше 3 млрд. рублей) и разработка новейшей медтехники (почти 3 млрд. рублей). Кроме того Минздраву рекомендовано перенести на 2014 год, необходимые затраты на ядерную медицину. Эти затраты были оценены в 329 млн. рублей.

Минкультуры, в свою очередь, осталось пока без 1 млрд. рублей, предназначенных для закупки новых музейных экспонатов и почти 11 млрд. на доп. образование – художественные школы, музыкальные и т. д. Также оказались за бортом приоритетных статей расходы необходимые для закупки крупногабаритных научных установок (более 9 млрд. рублей), финансирования различных научных фондов, затраты на развитие и поддержание инфраструктуры наукоградов (почти 9 млрд. рублей), а так же расходы на Сколково (немногим более 4 млрд. рублей).

Помимо вышесказанного Министерство финансов оказалось совершенно несогласно с расходами на социальную сферу страны – индексация зарплат бюджетникам, пособия по уходу за ребенком и т. д.