В середине марта Медико-генетический научный центр Российской Академии Медицинских Наук и биотехнологическая компания Sequoia genetics, входящая в ГК Алкор Био, подписали договор о научно-техническом сотрудничестве с целью реализации проекта «Неонатальная NGS-генодиагностика», запущенного летом 2012 года.

Проект «Неонатальная NGS-генодиагностика» нацелен на создание комплексного диагностического решения для выявления тяжелых наследственных заболеваний у новорожденных и их носительства у пар, планирующих беременность.

В ходе работы над этим проектом разработчикам, в первую очередь, предстоит создать надежную схему высокопроизводительного определения последовательности ДНК и выявить все клинически значимые мутации в трех генах, ответственных за заболевание муковисцидозом, фенилкетонурией и галактоземией. Итогом выполнения всего комплекса задач, предусмотренного проектом «Неонатальная NGS-генодиагностика», должен стать эффективный метод генодиагностики трех моногенных заболеваниях, которые тестируются в России у всех новорожденных.

В рамках договора о сотрудничестве Sequoia genetics и МГНЦ РАМН планируют проведение совместных исследований в области разработки, валидации и внедрения в клиническую практику диагностических решений на основе методов секвенирования (определения нуклеотидной последовательности ДНК) следующего поколения (NGS).

Руководитель проекта «Неонатальная NGS-генодиагностика» Александр Павлов:

«Поскольку наше диагностическое решение ориентировано на клинику, на практическое здравоохранение, необходима его валидация, то есть проведение комплекса клинических испытаний. Для этого требуется прямое взаимодействие с врачами-генетиками. Медико-генетический научный центр РАМН является консолидирующей базой для всей российской медицинской генетики, именно здесь сосредоточены научно-технические ресурсы для проведения подобного рода исследований: оборудование, специалисты, методики, образцы биоматериала пациентов, страдающих от редких наследственных заболеваний.»

В рамках установленного сотрудничества наша компания будет выполнять методическую часть, то есть на базе своего метода проводить тестирование образцов, а МГНЦ РАМН — предоставлять образцы из своих банков и совместно с нами интерпретировать результаты исследований, чтобы установить реальную клиническую эффективность решения, которое мы разрабатываем.

Ведущий научный сотрудник Лаборатории генетической эпидемиологии ФГБУ «МГНЦ» РАМН, д.б.н. Ника Валентиновна Петрова:

«Наше сотрудничество, в первую очередь, заключается в предоставлении разработчикам Sequoia genetics образцов с известным генотипом и диагнозом, в частности, для лаборатории генетической эпидемиологии — это биоматериал пациентов, больных муковисцидозом, ранее протестированный другими молекулярно-генетическими методами. Но поскольку секвенирование ДНК следующего поколения — более прогрессивный метод, мы надеемся, что получим дополнительную информацию о строении гена у пациентов с тяжелыми наследственными заболеваниями».

Возможно, этот метод можно будет использовать и в целях неонатальной диагностики. Пока же используются другие методы. К примеру, исследования по муковисцидозу ведутся уже на протяжении, по крайней мере, 25 лет. Во многих странах определены наиболее частые мутации, характерные для того или иного региона, разработаны специальные методики и диагностические наборы для анализа именно наиболее частых мутаций. Все это касается и России. Но поскольку при использовании обычных, рутинных методов исследуются частые, но не все возможные комбинации аллелей, эти методы необходимо дополнять другими, более современными методами.

При этом хочу добавить, что сегодня диагноз «муковисцидоз» ставится, в первую очередь, на основе клинической картины заболевания, а молекулярно-генетическое исследование выступает в роли подтверждающей диагностики. Но для проведения пренатальной диагностики, для планирования репродуктивного поведения семьи иногда необходимо всестороннее изучение строения патологического гена, приводящего к наследственному заболеванию.

Главный научный сотрудник научно-клинического отдела муковисцидоза ФГБУ «МГНЦ» РАМН, член диссертационного совета ФГБУ МГНЦ РАМН, профессор, д.м.н. Елена Ивановна Кондратьева:

«На сегодняшний день в России у 25% пациентов, страдающих муковисцидозом, мутации гена белка, получившего название муковисцидозного трансмембранного регулятора проводимости, при помощи существующих методов ДНК-диагностики не выявляются, и диагноз ставится только по клиническим проявлениям.»

С 2006 г. в стране стартовал неонатальный скрининг муковисцидоза в рамках пяти нозологий. Неонатальный скрининг на первом этапе обследования включает определение иммунореактивного трипсина (ИРТ) в высушенном пятне крови новорожденных. У детей с повышенным уровнем ИРТ проводят повторное определение ИРТ в крови на 4 неделе жизни. При положительном ретесте ребенок направляется в центр муковисцидоза. Для подтверждения диагноза проводится потовая проба. Являясь по факту «золотым стандартом», данный вид исследований в ряде случаев может давать пограничные значения показателей, в этом случае ДНК-диагностика необходима для постановки диагноза.

Таким образом, у нас в стране вторым этапом проводится ретест и потовая проба, а в ряде зарубежных стран — молекулярно-генетический анализ и даже секвенирование. Конечно, развитие у нас подобного современного подхода могло бы расширить диагностические возможности и, в первую очередь, в случаях более легких форм заболевания, вызванных «мягкими мутациями». Это особенно важно при постановке диагноза у подростков и взрослых.

То количество мутаций, которое планируется выявлять при помощи разрабатываемой методики, может серьезно помочь врачам, которые работают с пациентами, страдающие муковисцидозом. Сотрудники нашего отдела много ездят по стране, консультируют пациентов, проводят школы и конференции для врачей и знают, что потребность в ДНК-диагностике высока и родители за редким исключением от нее не отказываются. Что же касается включения подобного решения в программу обязательного неонатального скрининга, то здесь что-либо прогнозировать сложно, но думаю, что если методика окажется эффективной, то это — вопрос времени.

Компания Sequoia genetics. Создана специально для работы над проектом «Персонализированная геномная диагностика», который является следующим этапом в развитии направления молекулярно-генетическая диагностика. Осуществление этого инновационного проекта позволит вывести современную молекулярно-генетическую диагностику на качественно новый уровень. Достаточно будет единожды получить сиквенс, то есть первичную последовательность нуклеотидов генома человека, для того чтобы, опираясь на эти сведения, собирать новую информацию, получать данные по наличию тех или иных мутаций и полиморфизмов по мере надобности. Sequoia genetics является резидентом Сколково и петербургского бизнес-инкубатора Ингрия.