Раковые опухоли практически никогда не несут одни и те же специфические генетические мутации. Данный факт мешает учёным лучше категоризировать типы раковых опухолей и разработать более безопасные и эффективные методы лечения. В статье, опубликованной на страницах веб-версии журнала Nature Methods, учёные из университета Калифорнии (Сан-Диего) ***предлагают новое средство, именуемое сетевой стратификацией (англ. network-based stratification [NBS]). Оно определяет подтип новообразования не по единичной мутации отдельно взятого пациента**, а по тому, как данные мутации влияют на общие генетические сети или системы.

«Определение подтипа — это основополагающий шаг на пути к цели персональной медицины. Опираясь на информацию о пациентах, их определяют в подгруппы с адекватным лечением. Например, известно, что опухоль определённого подтипа хорошо поддаётся лечению с помощью лекарства А, но не лекарства Б. Без определения подтипа все пациенты на первый взгляд одинаковы, и вы не знаете, какое лечение будет эффективным» — говорит Трей Айдекер (Trey Ideker, руководитель исследования, глава кафедры генетики медицинского факультета Калифорнийского университета в Сан-Диего, профессор кафедр медицины и биоинженерии Калифорнийского университета в Сан-Диего).

Современные достижения науки и техники позволили удешевить и упростить секвенирование генома. Данная процедура играет важную роль при лечении рака, так как эта болезнь носит генетическую природу.

По словам профессора Айдекера,

гены «существенно гетерогенны». Каждое отдельно взятое злокачественное новообразование человека генетически уникально, что может повлиять на эффективность и исход лечения.

«Когда вы смотрите на информацию о пациентах на уровне генов, то видите, что каждый пациент уникален. Но когда вы смотрите на затронутые болезнью биологические системы организма, возникает классификация. Не гены, которые подверглись мутации в абсолютно одинаковом месте, но мутации проявляются в абсолютно одинаковых генетических путях» — говорит профессор Айдекер.

Учёные рассматривали соматические мутации (присутствующие в опухолевых клетках, но не в здоровых клетках). Использовалась информация о пациентах, у которых выявлялся рак лёгких, рак матки и рак яичников. Она была собрана в рамках проекта под названием Генетический атлас раковых заболеваний (англ. The Cancer Genome Atlas), осуществляемого Национальными институтами здравоохранения США. Его целью является сбор и каталогизация геномов людей, страдающих от злокачественных новообразований.

По словам профессора Айдекера сетевая стратификация имеет непосредственную клиническую ценность. Секвенирование генома людей, у которых выявлено злокачественное новообразование, быстро становится обычной частью процесса диагностики. Клиницисты могут использовать сетевую стратификацию, чтобы более эффективно подбирать лечение, подходящее к тому или иному подтипу злокачественного новообразования, утверждает Трей Айдекер.

Путём учёта исходов лечения, обратного внесения информации о них в базу данных специалисты могут повышать эффективность методов лечения рака, делая их сами по себе настолько персональными, насколько и индивидуальными.