Структура капсиды (белковой оболочки) ВИЧ — вируса, вызывающего СПИД, — была установлена благодаря моделированию на суперкомпьютере Blue Waters, сообщает издание Nature.

Применение высокопроизводительного суперкомпьютера для установления точной структуры ВИЧ (вируса иммунодефицита человека) поможет искать новые способы лечения и добиться прорыва в борьбе со СПИДом (синдром приобретенного иммунодефицита).

Расчеты проводились исследователями Медицинской школы Университета Питтсбурга и сотрудниками Университета Иллинойса, где установлен петафлопный гибридный суперкомпьютер Blue Waters.

Точная химическая структура белковой оболочки была смоделирована набором из 4 миллионов атомов, объединенных в пента- и гексагональные белковые цепочки. Общее количество уникальных протеинов составило около 1,3 тысячи. Расчет столь большого количества взаимодействующих частиц за приемлемое время требует колоссальных мощностей.

«Вычислительная мощность, использованная для проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных экспериментов — учитывалось взаимодействие 64 миллионов атомов», — сообщил Клаус Шультен (Klaus Schulten), профессор физики Университета Иллинойса.

Компьютер Blue Waters изготовлен компанией Cray и относится ко второму поколению суперкомпьютеров. Он установлен в здании площадью 8,2 тысячи квадратных метров, машинный зал имеет площадь 1,9 тысячи квадратных метров. Система состоит из набора вычислительных модулей Cray XE6 и XK7, а также графических процессоров NVIDIA Tesla K20X. Применение специализированных графических процессоров для расчета физических процессов, а не только визуализации, позволило значительно повысить мощность суперкомпьютеров в некоторых задачах.

Строительство суперкомпьютера Blue Waters обошлось в 188 миллионов долларов. Эксплуатация HPC-компьютера (High Performance Computing) началась в 2012 году. Он обеспечивает вычислительную мощность около 1 петафлоп на реальных задачах, сообщает Digit.ru со ссылкой на данные Национального центра использования суперкомпьютеров.