Исследователи из США провели сравнительное исследование 1773 человеческих метагеномов и обнаружили около четырех тысяч белковых семейств, большинство из которых не были ранее описаны из-за своего небольшого размера, затрудняющего идентификацию. Около тридцати процентов найденных белков оказались вовлечены в межклеточные взаимодействия, сообщается в статье в журнале Cell.

Открытие коротких белков длиной меньше 50 аминокислот сопряжено с трудностями. При аннотации нового генома — разметке на его последовательности положений имеющихся генов — короткие последовательности обычно игнорируются. Это происходит из-за того, что шанс принять случайный участок генома за настоящий ген слишком велик.

Коротких белков мало в базах данных, и из-за этого поиск новых последовательностей по сходству с ранее открытыми работает плохо. Более того, даже если найдутся короткие похожие участки, то доказать, что это гомологи (родственные последовательности), а не случайные совпадения, тоже сложно.

Протеомные методы вроде масс-спектрометрии в данном случае тоже не работают из-за отсутствия таких белков в базах данных. Между тем те белки, которые удалось обнаружить, обладают зачастую интригующими свойствами — например, помогают межклеточной коммуникации.

Новое исследование показало, что уже известные маленькие белки составляют лишь малую часть от реального числа. Используя комбинацию генетических данных из открытого доступа Хила Сберро (Hila Sberro) из Стенфорда и ее коллеги нашли и описали около четырех тысяч белковых семейств, большинство из которых оказались новыми и не имели родственников в имеющихся базах данных.