Пару дней назад на нашем ютубе выступала Алсу Миссарова, выпускница мехмата МГУ, PhD по системной биологии (functional genomics in yeast) в Universitat Ponepu Fabra в Барселоне. Сейчас Алсу постдок в лабе JOhn Marioni (EBI, Cambridge, UK), занимается single cell RNA-seq and интеграцией со spatial transcriptomics.

Алсу сделала очень краткое введение в то, что такое биоинформатика и чем это отличается от вычислительной биологии. Делимся с вами записью и расшифровкой эфира: мы надеемся, что это вводная к целой серии спикеров, которые занимаются биоинформатикой.

Меня зовут Алсу Миссарова. Меня просили рассказать про биоинформатику – в частности, какие задачи я решаю, какого рода данные я обрабатываю, какого рода задачи есть в вычислительной биологии для технарей, для людей с уклоном в computer science, data analysis и так далее.

Я сама не биоинформатик, я computational biologist. Эти два понятия весьма коррелируют, и грань между ними размытая, но важно понимать разницу. И у того, и у другого целью являются ответы на какие-то биологические вопросы, или улучшение нашего понимания того, как устроены биологические процессы. Подход у них схожий: обработка и data analysis большого количества данных, которые глазами-руками нельзя обработать. Разница в приоритете. У Computational biologist скорее будет относительно специфический биологический вопрос, и нужно будет понять, какого рода данные нужно собрать. Нужно иметь доступ к этим данным, нужно уметь правильно обрабатывать, анализировать, интерпретировать и, собственно, отвечать на вопрос. Когда цель – информатика, это, скорее, создание алгоритмов, тулов, методов для того, чтобы работать с биологическими данными. Задача будет положена сверху, скорее всего, и данные будут в более промышленном формате. То есть, у них будет определенный формат данных, которые они будут обрабатывать, которые нужно будет производить для большого количества индивидуумов или организмов и так далее.

Можно воспринимать это так: Computational biologist – скорее, биолог, который может открывать какие-то библиотеки и использовать какие-то тулы, а биоинформатик – скорее, именно компьютерщик, которому до биологии дела нет, который в ней не очень разбирается, и он просто работает с числами, со строками, с данными. На самом деле, это не так, конечно. Это актуально для любой сферы, но, когда вы работаете с данными – в любой сфере – вам абсолютно необходимо понимать, какого рода у вас данные и откуда у вас шум в данных. И в биологических данных, которые вы будете получать, шума будет очень много. Его можно, грубо говоря, разложить на технический и биологический шум. Технический шум получается из-за того, что машины, которые создают данные, не идеальны и допускают огрехи. А биологический шум возникает потому, что в любой системе очень много вариации. Даже между двумя клетками одного и того же организма, даже если это соседние клетки кожи, будет биологическая разница. Надо отличать технический шум от биологического, убирать технический и оставлять биологический, и для этого нужно понимание биологии.