Исследователи Сколтеха и их коллеги изучили более 30 тысяч вариантов генетических последовательностей, кодирующих два флуоресцентных белка, чтобы понять, какие характеристики мРНК и первого десятка кодонов в ней могут повышать эффективность процесса трансляции. Помимо прочего, они установили, что редкие кодоны в начале последовательности, по-видимому, не увеличивают эффективность трансляции, как предполагалось ранее.

Исследование было опубликовано в журнале Nucleic Acids Research.

Трансляция — один из фундаментальных процессов в клетке: на основе матричной РНК (полученной от ДНК в ходе транскрипции) рибосома строит цепочку аминокислот, которая затем сворачивается в белок, отправляющийся выполнять разнообразные жизненно важные функции.

Каждая аминокислота кодируется кодоном, тройкой нуклеотидов в цепи мРНК. Всего на 20 аминокислот, которые соединяет рибосома, приходится 61 кодон, что означает, что некоторые кодоны синонимичны — они кодируют одну и ту же аминокислоту.

После десятилетий исследований ученые до сих пор до конца не уверены в том, что делает работу клеточного «белкового завода» более или менее эффективной. Например, есть свидетельства того, что некоторые вторичные структуры мРНК — как она уложена в пространстве в своем начале — могут мешать рибосоме связываться с ней и делать свою работу.

Еще один возможный фактор — те самые синонимичные кодоны: предыдущие исследования указывали на то, что, возможно, статистически более редко используемые кодоны могут повышать эффективность трансляции, если они находятся в начале открытой рамки считывания. Эти кодоны замедляют движение рибосомы по мРНК в ее начале так, что дальше не возникают «очереди» из рибосом.

Это не праздные поиски: изучение эффективности трансляции поможет лучше понять экспрессию генов и повысить эффективность работы биотехнологических бактерий-«рабочих лошадок», производящих нужные белки.

Поэтому Илья Остерман и Зоя Червонцева из групп Петра Сергиева, Ольги Донцовой и Михаила Гельфанда в Сколтехе и МГУ имени М. В. Ломоносова и их коллеги решили провести своеобразное соревнование: они протестировали более 30 тысяч вариантов мРНК, кодирующей одни и те же белки, чтобы понять, какие варианты дадут более эффективную трансляцию.