Коронавирус SARS-CoV-2 имеет как минимум две разновидности, сообщается в National Science Review. На одну из них, более агрессивную, действует особенно жесткий отбор со стороны человека, поэтому ее встречаемость за последние два месяца снизилась. Процент случаев COVID-19, вызванных менее смертоносной разновидностью вируса, по этой причине вырос.

В конце декабря в Китае зафиксировали вспышку новой болезни дыхательных путей, которая впоследствии получила название COVID-19. Выяснилось, что заболевание вызывает новый коронавирус, похожий на вирус тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС или SARS; название вируса — SARS-CoV), но не идентичный ему. С ростом числа случаев COVID-19, гибелью части пациентов и выходом вируса за пределы Китая стало совершенно очевидно, что с ним необходимо усиленно бороться — а для этого в кратчайшие сроки узнать как можно больше о его природе, родственных связях с другими вирусами, потенциальных источниках инфекции и так далее.

Геномы многих SARS-CoV-2 (сначала этот вирус называли 2019-nCoV), которые удалось выделить из биоматериала пациентов с COVID-19, секвенировали. Данные о последовательностях нуклеотидов РНК 103 новых коронавирусов, а также вируса SARS-CoV и родственных вирусов летучих мышей (SARSr-CoV) и панголинов сравнили ученые из нескольких учреждений Китайской академии наук и Пекинского университета.

Оказалось, что у нового коронавируса и его предполагаемого предка SARSr-CoV отличается всего примерно 4 процента нуклеотидов. Однако если учитывать только синонимичные замены, доля неодинаковых мутаций больше — 17 процентов. (Вероятная причина в том, что несинонимичные замены приводят к замене аминокислот в кодируемых белках и поэтому обычно подвержены большему эволюционному прессингу — искореняются естественным отбором.) Для сравнения, в паре «человек — шимпанзе» это значение составляет 1,2 процента. Это, по мнению ученых, означает, что разделение двух вирусов произошло довольно давно.

Характер несовпадений нуклеотидов в геномах SARSr-CoV и SARS-CoV-2 таков, что они скорее появились в ходе направленной эволюции, чем случайной рекомбинации.

Сам SARS-CoV-2, как показало сравнение последовательностей, можно разделить на два типа: авторы назвали их S и L. Самое четкое их генетическое различие — два однонуклеотидных полиморфизма, которые всегда идут в сцепке друг с другом. Вирус S-типа, по-видимому, старше, и вызывает не такие тяжелые формы COVID-19, как второй. Однако в первые недели вспышки заболевания, примерно до 7 января, в 96,2 процентов случаев выявляли больных, инфицированных вирусом второго типа — L. Он моложе и более агрессивен.

После первой недели января доля инфекций COVID-19, причиной которых был SARS-CoV-2 L-типа, стала снижаться и теперь ближе к 60 процентам. Причину этого исследователи видят в том, что люди стали активно мешать его распространению (то есть вести отбор против него), изолируя больных в тяжелом состоянии. В то же время пациентов с SARS-CoV-2 S-типа могли тогда выявлять хуже, поскольку у них болезнь протекала обычно в более легкой форме.

Две разновидности нового коронавируса различаются и своим географическим распространением. В Ухане 96,3 процента заболевших заразились SARS-CoV-2 L-типа, а за пределами этого города таких меньше — 61,6 процента. Однако у одного пациента из Австралии, данные по которому обработали в рамках обсуждаемой статьи, нашли сразу и L-, и S-разновидности.

Авторы признают, что та информация, которой они располагают, далека от полноты, поэтому необходимо повторное исследование на расширенной выборке. Также они отмечают, что нужно как можно скорее объединить эпидемиологические, молекулярно-генетические данные и сведения о симптомах COVID-19 у разных больных, чтобы выработать наиболее эффективные стратегии борьбы с коронавирусом-возбудителем заболевания.