Меня зовут Александр Садовников, я выпускник корпоративной магистерской программы ИТМО и JetBrains «Разработка программного обеспечения» и по совместительству старший разработчик биоинформатического ПО в департаменте вычислительной биологии компании BIOCAD. В этом посте я в доступной форме и без чрезмерного жонглирования нудными биоинформатическими терминами опишу один из ключевых этапов создания лекарственного средства — этап предсказания места взаимодействия лекарства с целевой молекулой в организме человека.

Данная тема выбрана мной не случайно: в рамках своей дипломной работы я занимался именно этой проблемой.

Понять, как взаимодействуют две молекулы, можно, если предсказать структуру комплекса, который они формируют в природе. Предсказание структуры молекулярного комплекса по-научному называется задачей докинга. Частого использования этого термина я, к сожалению, избежать не смогу.

Главная новость заключается в том, что задачу докинга человечество уже умеет с переменным успехом решать с помощью компьютерного моделирования. Это стало возможным, в частности, за счёт использования довольно известных за пределами биоинформатики алгоритмов и математических подходов. На их примере я покажу, как очень частные знания, которые мы получаем на протяжении многих лет учёбы в школе и вузе, оказываются полезными на практике, причём зачастую не самым очевидным образом.

Хочется верить, что данный материал будет интересен и полезен любому читателю, однако, чтобы понять всю техническую сторону вопроса, потребуются некоторые знания в области математики и алгоритмов.