Меня зовут Елена Картышева, я выпускница программы «Разработка программного обеспечения» Университета ИТМО — одной из образовательных инициатив JetBrains. Я занимаюсь биоинформатикой и машинным обучением, и сегодня хочу рассказать о своей выпускной квалификационной работе. В рамках диплома я улучшила модель предсказания совместных побочных эффектов лекарств. Это поможет разрабатывать более эффективный дизайн клинических исследований и собирать информацию о побочных эффектах новых препаратов.

Зачем нужно исследовать побочные эффекты лекарств?

Вам наверняка известно такое понятие, как побочные эффекты лекарств. Обычно различают индивидуальные побочные эффекты — это негативные последствия, вызванные приемом одного лекарства, и совместные — побочные эффекты, появляющиеся при приеме нескольких препаратов.

Совместные побочные эффекты возникают из-за нежелательного взаимодействия комбинаций препаратов. Они могут вызывать серьезные осложнения при лечении тяжелых пациентов. Их сложно идентифицировать экспериментально: проверить все существующие пары препаратов попросту невозможно, поэтому в клинических испытаниях совместные побочные эффекты не тестируются, и информация о них появляется только когда лекарство начинают применять.

Формулировка задачи

Задачу определения побочных эффектов лекарств можно довольно удобно переформулировать как предсказание наличия или отсутствия ребра в графе знаний.