Международная команда исследователей разработала инновационный метод выявления и количественной оценки варианта B.1.1.7 (альфа) SARS-CoV-2 с помощью эпидемиологического изучения сточных вод.

Ученые из междисциплинарной исследовательской группы по устойчивости к противомикробным препаратам (AMR) в Сингапуре месте с сотрудниками из Biobot Analytics, Технологического университета Наньяна (NTU) и Массачусетского технологического института успешно разработали инновационный метод молекулярного поиска варианта B.1.1.7 (Alpha) SARS-CoV-2. Он позволит быстро и недорого наблюдать и за другими вариантами коронавируса нового типа в сточных водах.

Наблюдение за сточными водами помогает быстро и ненавязчиво отслеживать распространение COVID-19. Дополнительная информация позволяет органам здравоохранения отслеживать пандемию на уровне сообществ.

Совсем недавно вирусные фрагменты SARS-CoV-2 были обнаружены в жилых массивах Сингапура в рамках программы упреждающего надзора за сточными водами. Эта информация наряду с контрольным тестированием позволила Министерству здравоохранения страны быстро отреагировать на ситуацию.

Однако обнаружение вариантов коронавируса с помощью наблюдения за сточными водами менее распространено из-за проблем в существующих технологиях. Секвенирование следующего поколения для наблюдения за сточными водами требует много времени и средств. Тестам также не хватает чувствительности. Международная команда ученых в новом исследовании стремилась решить эту проблему.

В исследовании, опубликованном в журнале Environmental Science & Technology Letters, ученые объясняют инновационный метод молекулярного обнаружения, основанный на аллель-специфической RT-qPCR, который обнаруживает и количественно определяет вариант B.1.1.7 (Alpha).

Разработанный анализ, протестированный и подтвержденный на образцах сточных вод в 19 населенных пунктах США, способен надежно обнаруживать и количественно определять низкие уровни варианта B.1.1.7 (Alpha) с низкой перекрестной реактивностью и в пропорциях вариантов вплоть до 1% на фоне смешанных вирусов SARS-CoV-2.

Метод, направленный на спайковые мутации белков, которые позволяют предсказать вариант B.1.1.7 (Alpha), может быть реализован с использованием коммерчески доступных протоколов RT-qPCR.