Международная группа ученых решила оценить последствия беспрецедентного числа мутаций, обнаруженных в новом штамме коронавируса, и эффективность антител к прошлым вариантам SARS-CoV-2. Коллектив ученых из швейцарской компании Humabs BioMed и американской Vir Biotechnology, Вашингтонского университета (Сиэтл, США), а также Италии, Аргентины, Пакистана и Японии идентифицировал антитела, которые, в отличие от других, остаются почти неизменными при воздействии омикрон-штамма и, следовательно, могут его нейтрализовать.

О результатах исследования недавно рассказывалось в журнале Nature (редакторы сделали оговорку, что работу рецензировали и приняли к публикации в экстренном порядке — из-за быстрого распространения нового варианта коронавируса, — поэтому возможны корректировки).

Как известно, «омикрон» по сравнению с исходным штаммом имеет 37 аминокислотных замен в S-белке, 15 из которых приходятся на рецептор-связывающий домен (RBD). Столь необычно большое число мутаций вызывает опасения, поскольку существующие до сих пор вакцины окажутся менее эффективными против этого варианта, как и препараты на основе антител. К тому же считается, что такие изменения объясняют, почему омикрон-штамм смог быстро разойтись по миру — случаи заражения есть как минимум в 100 странах — и инфицировать людей, которые были привиты или ранее переболели Covid-19.

Авторы работы сконструировали нереплицирующийся псевдовирус, производящий на поверхности вирусной частицы S-белки, подобно коронавирусам. Затем ученые получили псевдовирусы, шипиковые белки которых содержали мутации омикрон-штамма или предыдущих вариантов. Как выяснилось, RBD «омикрона» связывался с человеческим мембранным белком ACE2 (ангиотензинпревращающий фермент 2) с повышенной аффинностью, в 2,4 раза лучше, — в сравнении с уханьским штаммом (Wuhan-Hu-1) — и связывался с мышиным ACE2.

Далее исследователи проанализировали, насколько эффективно антитела к более ранним версиям SARS-CoV-2 защищают от нового штамма.

«Мы наблюдали заметное снижение нейтрализующей активности плазмы против “омикрона” по сравнению с предковым псевдовирусом у выздоровевших и привитых, но снижение было менее выраженным после третьей дозы вакцины», — рассказывается в работе.

Оказалось, большинство моноклональных антител (mAb), нацеленных на рецептор-связывающий мотив (RBM) RBD, in vitro потеряли нейтрализующую активность против омикрон-варианта: лишь три из 29 mAb сохранили неизменную активность, включая антитело S2K146. Помимо этого, сотровимаб, S2X259 и S2H97 — моноклональные антитела, нейтрализующие сарбековирус, так называемый родственник SARS-CoV-2 — нейтрализовали и «омикрон» благодаря распознаванию антигенных сайтов за пределами RBM. Активность сотровимаба снижалась в два-три раза.

Как отмечают ученые, определяя мишени подобных «широко нейтрализующих» антител, можно создавать вакцины и методы лечения, которые останутся эффективными не только против омикрон-штамма, но и будущих вариантов коронавируса.

«Моноклональные антитела, распознающие эпитопы RBD, “консервативные” для разных вариантов SARS-CoV-2 и других сарбековирусов, вероятно, станут ключом к контролю нынешней пандемии», — считают исследователи.