Многие из белковых форм получены из организмов, совершенно неизвестных науке. Статья об исследовании опубликована на сайте препринтов bioRxiv. Ученые из Meta* (признана экстремистской организацией, деятельность запрещена на территории РФ) использовали языковую модель искусственного интеллекта (ИИ) для предсказания неизвестных структур более чем 600 миллионов белков. Все они принадлежат вирусам, бактериям и другим микробам.

Программа ESMFold использовала модель (изначально ее разработали для расшифровки языков), чтобы точно прогнозировать повороты белков, которые определяют их трехмерную структуру. Результаты, которые включили в метагеномный атлас ESM с открытым исходным кодом, используют для разработки новых лекарств, описания неизвестных микробных функций и чтобы отследить эволюционные связи между отдаленно родственными видами.

ESMFold — не первая программа, которая прогнозирует формы белков. В 2022 году компания DeepMind от Google объявила, что ее программа AlphaFold расшифровала формы примерно 200 миллионов белков, известных науке. Авторы ESMFold отметили, что ее программа не так точна, как AlphaFold, но в 60 раз быстрее, чем DeepMind. Так, новый ИИ только что предсказал форму 600 млн белков за 2 недели. Однако статью об исследовании пока не рецензировали.

«Метагеномный атлас ESM позволит ученым искать и анализировать структуры метагеномных белков в масштабе сотен миллионов белков», — пишут ученые.

Белки являются строительными блоками всех живых существ и состоят из длинных извилистых цепочек аминокислот — крошечных молекулярных единиц, которые соединяются друг с другом в бесчисленных комбинациях, образуя трехмерную форму белка.